و في العام 1999 قامت شركة حمزه الدوليه بالتعاون مع شركات استشارية محلية بتحديث المخطط الشمولي للموانئ واوصت بضرورة نقل الميناء الشمالي الى الجنوب لإيجاد مناطق تطوير سياحي جديدة في العقبة لتجنب المشاكل التنظيمية والبيئةوالظروف الانشائية للارصفة بعد زلزال١٩٩٥مما أدى الى ارتفاع كلّف صيانتها. 

و في العام 2000قامت شركة جنسلر الدولية ومن خلال الخطة الشاملة لمنطقة العقبة الاقتصادية الخاصة بالتوصية بنقلها الميناء الى الجنوب حيث ان موقعة الحالي حد من امكانية التطوير عدا عن المشاكل البيئية التي يسببها الميناء لوجوده ضمن المنطقة الحضرية للمدينة وبالتالي فان عملية ايجاد مشروع تطويري في منطقة الشمالي وعملية نقل الميناء الى الجنوب قد قامت بسبب الحاجة التخطيطية والاقتصادية والبيئية لنقل الميناء الى الجنوب وليس لأنه تم توقيع اتفاقية تطوير مع شركة المعبر الاماراتية , وهنا لابد من ذكر الفوائد التي ترتبت عن مشروع تطوير مرسى زايد الذي تقوم به شركة المعبر وتتضح هذه الفائدة من خلال القيمة المضافة الموضحة كما يلي : 

• تحسين وضع المديونية العامة قيمة و فائدة من خلال استجابة المملكة الاردنية الهاشمية لعرض السداد المبكر المقدم من نادي باريس وذلك باستخدام الثمن الإجمالي الذي تم دفعه فور توقيع الاتفاقية في شهر أذار من عام 2008 تحقيقا لإيجابيات العرض. 

تدفق ايرادات من خلال العوائد المتأتية المملكة الاردنية الهاشمية بنسبة 3% من الدخول الاجمالية لجميع الأعمال والفعاليات التجارية للمشروع مدفوعة عند نهاية كل مرحلة من مراحل المشروع طبقا للاتفاقية، ومن المتوقع أن تصل عند اكتمال المشروع لأكثر من 300 مليون دولار. 

• ضخ استثمارات تزيد قيمتها عن 10 بلايين دولار أمريكي في مدينة العقبة خلال مدة المشروع وحتى نهايته.

 • توفير فرص أعمال اضافية لقطاع الإنشاءات من مستشارين ومقاولين ومصنعين ومزودين في الأردن من خلال الاستثمارات والتطوير مما سيرتفع بسوية هذا القطاع الاقتصادي الهام. 

• تطوير القطاع السياحي في الأردن بجعل العقبة مقصدا سياحيا بإضافة ميناء للسفن السياحية ومرافق مينائية وسياحية متخصصة بمواصفات عالمية مما سيوجد مصدرا للدخل القومي من خلال التعرفة والرسوم الجمركية و الدخول الإضافية في منطقة المثلث الذهبي خاصة والأردن عامة. 

• زيادة عدد الغرف الفندقية لفنادق الأربع والخمس نجوم في العقبة بما لا يقل عن ثلاثة آلاف غرفة فندقية من خلال انشاء ثمانية فنادق رائدة وزيادة الخدمات العامة والمراكز الترفيهية والحدائق العامة والساحات والتي ستساهم في إضافة قيمة نوعية للسياحة في مدينة العقبة حيث سيضاعف القدرة الاستيعابية لغرف الفنادق ذات النجوم الخمسة والاربعة في مدينة العقبة. 

يتوقع أن يصل عدد السياح الذين سيتم استقطابهم لفنادق مشروع مرسى زايد حوالي 500,000 سائح سنويا عدا مرسى البواخر الذي يتوقع ان يستقطب 250,000 سائح على السفن السياحية سنويا علما بأن متوسط العائد الاقتصادي الاجمالي للحكومة هو حوالي 500 دينار للسائح الواحد و 50 دينار لسائح السفن السياحية مما يعني رفد الخزينة بعائد اضافي بحدود 262.5 مليون دينار اردني سنويا (طبقا لإحصائيات البنك المركزي ووزارة السياحة. 

زيادة الطول المحدود للشاطئ في العقبة بإضافة قنوات مائية بطول شاطئي 5 كم وإنشاء مركز متطور للرياضات المائية بسوية عالية ومواصفات عالمية. 

إنشاء مناطق سكنية جديدة بكامل مرافقها وخدماتها مما سيوفر سكنا الى 70 الف شخص من خلال 31.000 وحدة سكنية وبأسعار معقولة نسبيا. 

تحسين الظروف البيئية للمدينة من خلال إزالة المؤثرات البيئية الخطيرة للميناء الحالي مثل الغبار و الضجيج والطيور و حركة المرور الكثيفة وغيرها مما سيزيد من مقومات السلامة العامة.

 ايجاد مصادر دخل اضافية لحكومة المملكة الاردنية الهاشمية من خلال العوائدالمترتبةعلى المنشآت والانشطة والفعاليات ورسوم الاراضي وخلافه. 

استكمال تحقيق وتنفيذ الخطة التنظيمية للمنطقة وتطبيق استخدامات الأراضي وفقا للمخطط الشمولي المعتمد لمنطقة العقبة الاقتصادية الخاصة في عام 2001 من قبل مجلس مفوضي السلطة بصفته ممارسا لصلاحيات مجلس التنظيم الاعلى وكصاحب الولاية التنظيمية للمنطقة والموافق عليه أصوليا من قبل مجلس الوزراء. 

تحفيز وتشجيع إنشاء مشاريع سياحية ضخمة جديدة واستثمارات في المناطق الى جنوب المشروع مثل منطقة المطل بالإضافة الى التطوير و القيمة المضافة المتوقعة للمناطق المجاورة للمشروع مثل منطقة شمال الشلالة والخزان.

 ايجاد فرص عمل جديدة بجميع التخصصات والمستويات والتي تقدر بما لا يقل عن 15 الف فرصة عمل جديدة.