وزع مجلس الوزراء مسؤولية وتبعية مجالس المحافظات ولجانها على 3 وزارات لضمان تعزيز وتعظيم مكاسب اللامركزية ووضع هذه الخطوة على المسار المنتج والصحيح وتجنب التضارب او الازدواجية بحسب قرار المجلس.
واعتبر المجلس وزارة الداخلية ووزيرها الجهة ذات الاختصاص المرجعي للمجالس التنفيذية للمحافظات.
كما اعتبر وزارة الشؤون السياسية والبرلمانية ووزيرها الجهة ذات الاختصاص المرجعي لمجالس اللامركزية.
واوكل المجلس لوزارة التخطيط والتعاون الدولي ووزيرها الاختصاص المرجعي لجميع ما يتعلق بالخطط التنموية والاستراتيجية في المحافظات، والقضايا المتعلقة ببناء القدرات، والتواصل مع الجهات المانحة، وتنسيق برامجها ومشاريعها التنموية الموجهة لهذه الغايات.
وأكد المجلس في قراره ضرورة الالتزام بالتنسيق بين الجهات المرجعية الثلاث من خلال اللجنة الوزارية للامركزية.